Dalam upaya memberikan arah, motivasi dan kekuatan gerak langkah segenap civitas akademika, STAIN Pekalongan memiliki visi, misi dan tujuan sebagaimana layaknya sebuah lembaga pendidikan.
Visi STAIN Pekalongan adalah:
Sebagai lembaga Pendidikan Tinggi Islam terdepan dalam mengembangkan kualitas keilmuan dan kepribadian yang bernafaskan nilai-nilai Islam serta mempunyai kepedulian terhadap tuntutan kebutuhan lokal dan global.
Adapun Misi STAIN Pekalongan adalah:
- Mengembangkan Pendidikan dan pembelajaran, Penelitian dan Pengabdian kepada masyarakat dengan manajemen berkualitas, yang mampu memenuhi kebutuhan masyarakat dan siap menghadapi kompetensi global, nasional dan regional dengan landasan nilai-nilai Islam.
- Mengantarkan mahasiswa menjadi Sarjana Muslim yang memiliki keluasan ilmu ke-Islaman, kematangan profesional, kedalaman aqidah dan keluhuran akhlak.
- Mengembangkan ilmu-ilmu ke-Islaman melalui pengkajian dan penelitian yang bermanfaat bagi pengembangan cakrawala pemikiran dan memberi kontribusi terhadap konsep-konsep pemberdayaan dan pengembangan masyarakat.
Sedangkan tujuan STAIN Pekalongan:
- Menyiapkan peserta didik menjadi anggota masyarakat yang memiliki kemampuan akademik dan/atau profesional yang dapat menerapkan, mengembangkan dan/atau menciptakan ilmu pengetahuan agama Islam, IPTEK dan seni yang bernafaskan Islam.
- Mengembangkan dan meyebarluaskan ilmu pengetahuan agama Islam, IPTEK dan seni yang bernafaskan Islam, serta mengupayakan penggunaannya untuk meningkatkan taraf kehidupan masyarakat dan memperkaya kebudayaan nasional.Arah Pengembangan STAIN Pekalongan.
Arah pengembangan STAIN Pekalongan secara konseptual telah tertuang dalam Rencana Induk Pengembangan STAIN Pekalongan, yang diharapkan dapat memberikan kontribusi dalam pembangunan. Untuk mewujudkan STAIN sebagai PTAI terkemuka, pada tahap awal telah dirumuskan rencana strategis sebagai berikut:
- Peningkatan Pengembangan dan Pemberdayaan SDM.
- Pengembangan Jurusan dan Prodi.
- Pengembangan Kurikulum dan Mutu Akademik.
- Pengembangan Kajian Keilmuan.
- Pengembangan Perpustakaan.
- Pengembangan Sistem Informasi.
- Pengembangan Penerbitan Ilmiah.
- Pengembangan Penelitian dan Pengabdian Masyarakat.
- Pengembangan Organisasi dan Kegiatan Kemahasiswaan.
- Peningkatan Sistem Pelayanan Akademik dan Kemahasiswaan.
- Penambahan dan Pemberdayaan Sarana dan Prasarana Penunjang.
- Pengembangan Kerjasama PT dan Kelembagaan.
- Pengembangan Sistem manajemen yang visioner, profesional, terbuka, akuntabilitas, kolektif dan teamwork.
Untuk memberi arah pelaksanaan dan kebijakan tersebut dilakukan dengan pendekatan-pendekatan sebagai berikut:
- Pendekatan Output, yang meliputi: Kualitas Alumni, Kualitas Penelitian dan Pengabdian Masyarakat, Kualitas penerbitan ilmiah, Sumbangan bagi pembangunan SDM dan wilayah.
- Pendekatan Profesional, yang meliputi: Pengembangan Kurikulum dan Mutu akademik, Pengembangan Spesialisasi bidang keilmuan, Pengembangan Kemampuan dan Keahlian Dosen, Mendorong studi lanjut di kalangan dosen, Pengembangan Pusat Kajian Keilmuan dan Penelitian, Pengembangan penerbitan ilmiah Civitas Akademik, pengembangan sistem manajemen pendidikan dan Pengembangan Jaringan Informasi dan Perpustakaan.
- Pendekatan Proses, yang meliputi: Penyediaan sarana yang memadai, kualitas managemen dan pelayanan, otonomi, deregulasi, dan independensi, bottom up, transparansi dan akuntabilitas, solidaritas team work, kompetisi dan koordinasi; dan ukhuwah.
1. Peningkatan Sumber Daya Manusia
- Dengan IAIN Walisongo Semarang dan empat STAIN yang ada di Jawa Tengah yaitu STAIN Purwokerto, STAIN Kudus, STAIN Salatiga dan STAIN Surakarta. Kerjasama ini dalam rangka menyamakan visi dan misi. Bentuk dari kerjasama ini adalah seminar, lokakarya, diskusi maupun forum ilmiah lainnya.
- Dengan Universitas Pekalongan (UNIKAL) dan Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Muhammadiyyah. Bentuknya kegiatan akademik, seperti seminar, diskusi, perkuliahan, informasi administrasi dan lain-lain.
- Dengan STIMIK Widya Pratama melalui kerjasama pelatihan komputer bagi pegawai, dosen dan mahasiswa.
- Dalam rangka kebutuhan tempat praktik mengajar bagi jurusan Tarbiyah, STAIN menjalin kerjasama dengan lembaga pendidikan Dasar dan Menengah di bawah naungan Departemen Agama dan Dinas Pendidikan Kota Pekalongan. Untuk praktik lapangan mahasiswa jurusan Syari’ah, STAIN menjalin kerjasama dengan PA Pekalongan, PA Batang, PA Pemalang dan PA Brebes. Sedangkan untuk prektek mahasiswa jurusan Tarbiyah, STAIN menjalin kerjasama dengan MAN 02, MAN 03, SMAN 1, SMAN 2, SMAN3 dan SMAN 4, SMPN 01, SMPN 02, SMPN 03, SMPN 04, SMP 05, SMPN 06,SMPN 08 dan lain-lain.
- Dalam rangka pengabdian pada masyarakat, STAIN mengadakan kerjasama dengan Pemda Tegal, Kota dan Kabupaten Pekalongan, Kabupaten Batang, dan Kabupaten Pemalang serta Provinsi Jawa Tengah.
- Kerjasama antar perpustakaan merupakan bentuk kerjasama yang paling efektif dalam penyediaan informasi dari kedua belah pihak tentang adanya bahan pustaka yang dibutuhkan terutama informasi buku-buku baru.
- Kerjasama dengan lembaga penelitian, seperti LIPI, Litbang Depag, Litbang Jawa Tengah, Litbang Pemkab di berbagai daerah. Serta kerjasama dengan lembaga swadaya masyarakat (LSM) dan organisasi-organisasi keagamaan dalam rangka riset dan pemberdayaan masyarakat.
- Kerjasama dengan lembaga-lembaga perekonomian syari’ah di wilayah Pekalongan, seperti BNI Syari’ah, Bank Muamalat Indonesia, Bank Syari’ah Mandiri dan beberapa BMT di wilayah Batang, Pekalongan, Tegal dan Brebes.