Koleksi buku Perpustakaan STAIN Pekalongan secara garis besar terdiri dari dua kategori yaitu buku-buku dalam bidang ke-Islaman (Islamic Studies) dan buku-buku dalam bidang  umum (Non-Islamic Studies). Buku-buku dalam bidang ke-Islaman (Islamic Studies)  meliputi buku dalam disiplin (kajian):

• Islam secara umum,
• Qur’an dan tafsir
• Hadis,
• Aqaid dan Ilmu Kalam,
• Fikih dan Hukum Islam,
• Akhlak & Tasawuf,
• Politik Islam,
• Pendidikan Islam,
• Sosiologi Islam,
• Ekonomi Islam,
• Seni dan Sastra Islam,
• Sejarah dan Biografi Islam.

Adapun buku-buku dalam bidang umum meliputi buku-buku dalam berbagai disiplin ilmu terutama yang dibutuhkan oleh jurusan atau prodi-prodi , antara lain adalah buku dalam bidang:

• Karya Umum
• Ekonomi dan Manajemen
• Pendidikan,
• Teknologi,
• Bahasa dan Kesusasteraan,
• Politik, Sosial dan Budaya,