Rabu, 17 Juli 2013 sebanyak 678 calon mahasiswa mengikuti tes tertulis seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru (PMB) STAIN Pekalongan Jalur Mandiri 2013. Kemudian dilanjutkan, Kamis, 18 Juli 2013, calon mahasiswa tersebut harus mengikuti tes wawancara berkaitan dengan penguasaan Baca Tulis Qur’an dan Praktik Ibadah.
Pelaksanaan PMB tahun akademik 2013/2014 diadakan secara online berkerjasama dengan Bank Syariah Mandiri (BSM). Menurut penuturan Panitia, 678 calon mahasiswa berasal dari 6 propinsi, 23 kabupaten/kota, dan 238 sekolah setingkat SMA, MA, SMK & Paket C. Jumlah tesebut terdiri dari 535 program reguler pagi (201 laki-laki & 334 perempuan), 88 program reguler sore (21 laki-laki & 67 perempuan), dan 55 program non reguler (32 laki-laki & 23 perempuan).
Di antara calon mahasiswa (pendaftar), 3 orang yang hafal al-Qur’an (hafidz Qur’an) dan 1 orang menyandang tuna daksa. Kebanggaan bagi institusi STAIN, bila kedua model calon mahasiswa mendaftar di STAIN Pekalongan. Panitia berharap semoga pelaksanaan PMB kali ini berjalan lancar dan tidak menemui halangan apapun.